Les débuts de l’agglomération sont antérieurs à l’an mil et remontent probablement au VIIIème – IXème siècle, époque où commence à se peupler cette zone marécageuse proche du littoral. Bourbourg, dont le nom signifie « castel des marais », du flamand « Brouckbourg » était depuis le Haut Moyen-Age siège de châtellenie. Robert II de Jérusalem, comte de Flandre, de retour de croisade, cède ses terres aux moines de l’abbaye Saint Bertin (Saint - Omer).

Au cours du XIème siècle, plusieurs couvents et abbayes voient le jour à Bourbourg.

Au XIIIème siècle, l’église est reconstruite sur le plan du sanctuaire précédent, elle est augmentée d’un chœur gothique ogival. Située en plein cœur de bourg, elle est le point nodal d’une urbanisation concentrique très marquée. Cette organisation est encore largement perceptible de nos jours.

Le nom de Bourbourg apparaît dans les chroniques de Froissart. L’auteur y relate les vicissitudes que rencontre l’église Saint Jean-Baptiste au cours de la guerre de cent ans.
La châsse «Notre-Dame de Bourbourg» est datée du XVème siècle.

Jusqu’au XVIIème siècle, l’église fait l’objet de nombreuses modifications : au XVIIIème siècle, le clocher s’effondre, la nef est entièrement reconstruite et surélevée. Le chœur, remarqué pour son ampleur, est classé Monument Historique en 1920.

En mai 1940, lors de l’offensive allemande sur Dunkerque, l’église est incendiée, ruinée, le pavement est démonté pour les besoins de l’occupant.

A partir de 1955, la nef et le transept sont restaurés mais l’ensemble oriental du chœur, de l’avant chœur et de ses bas-côtés est fermé au culte et soustrait de la vue par une cloison de briques.

En 1997, l’ultime campagne de restauration qui porte sur la partie orientale de l’édifice s’engage, elle s’accompagne d’une décision d’y associer un projet de création.